| 报告全称 | 裕策生物数字化空间靶向蛋白组学分析报告-科研 |
|---|---|
| 项目编号 | YuceNeo 0023 |
| 项目名称 | 裕策生物数字化空间靶向蛋白组学分析服务项目 |
| 客户单位 | 东海省津海市肿瘤医院 |
| 样本简介 | 1张TMA,共圈选收集36个AOI |
| 研究目标 | 不同样本间空间蛋白表达谱差异 |
| 项目设计 | 使用DSP空间蛋白组技术结合Core Panel + 1 Module中的全部靶标混合物对TMA切片进行检测 |
| 报告时间 | 2021.10.29 |
| 分析程序 | YuceBio | YuceNeo EPARS自动化报告与分析流程系统 v1.0 |
| 分析部门 | 生信分析与数据科学部 |
| 审核部门 | 项目部 |
| 名称缩写 | 对应定义 | 对应中文翻译 |
|---|---|---|
| DSP | Digital Spatial Profiling | 数字空间多组学分析技术 |
| QC | Quality Control | 质量控制 |
| NGS | Next Generation Sequencing | 第二代测序技术 |
| FFPE | Formalin-Fixed, Paraffin-Embedded | 石蜡切片 |
| ROI | Region of interest | 感兴趣区域 |
| AOI | Area of illumination | 紫外捕获区域 |
| FOV | Field of View | 视场 |
| H&E | Hematoxylin and Eosin stain | 苏木精-伊红染色 |
| FC | Fold Change | 差异表达倍数 |
| HK | House Keeping (gene) | 管家(基因) |
| TME | Tumor MicroEnvironment | 肿瘤微环境 |
| PCA | Principal Component Analysis | 主成分分析 |
| DE | Differential Expression (Analysis) | 差异表达 (分析) |
| TAP | Technology Access Program | 平等获取技术计划 |
| ERCC | External RNA Control Consortium | 外部RNA阴阳性对照组合 |
| NTC | No Template Control Count | 无模板阴性对照 |
The GeoMx Digital Spatial Profiling (DSP) technology, GeoMx数字空间多组学分析技术,是由NanoString公司开发的新型平台,它的具体技术原理(Van and Blank 2019)可以被概括为:
亲和试剂(例如抗体或 RNA 探针)通过 UV 可切割接头(PC-oligo)共价连接到特异核苷酸(indexing oligo)。对兴趣点(ROI)的UV光解可以精确释放感兴趣区域的特异核苷酸,通过NanoString nCounter系统进行数字量化,根据这些离散 ROI 内的详细表达谱实现信号解读。
过往利用DSP技术平台的科研成果和发表文献可参阅:(Pelka et al. 2021)(Bergholtz et al. 2021)(Cabrita et al. 2020)。
组织固定后进行多靶标抗体染色
根据荧光抗体染色图像查看并选择ROI
对选定的ROI进行紫外光照射,特异核苷酸照射后被释放至载玻片上方水性液体
微毛细管收集仅限于ROI的光裂解寡核苷酸,不接触样本
转移吸取的光裂解寡核苷酸至96孔板中
重复UV照射及收集步骤直至收集完所有ROI,每个循环间进行大量清洗
使用NGS进行定量
| 设备名称 | 供应商 | 备注 |
|---|---|---|
| nCounter Dx FLEX | NanoString | Prep Station + Digital Analyzer |
| GeoMx Digital Spatial Profiler | NanoString |
| 物料编码 | 物料名称 | 品牌 |
|---|---|---|
| AN1001 | 二甲苯(1330-20-7) | 汕头光华 |
| AN0897 | 无水乙醇(分析纯) | 西陇 |
| AN0899 | 95%乙醇(分析纯) | 上海凌峰试剂 |
| AN1031 | 改进型柠檬酸钠抗原修复液(50x) | |
| AN1498 | 10X TBS-T缓冲液 | 索莱宝 |
| AW1428 | GeoMx Protein Slide Prep Kit PCLN | NanoString |
| AW1434 | GeoMx Solid Tumor TME Morphology Kit Human Protein Compatibie | NanoString |
| AW1430 | GeoMx Immune Cell Profiling Panel Human Protein Core for nCounter | NanoString |
| AW0971 | Fixative Solution 4% formaldehyde prepared in PBS(4% PFA) | invitrogen |
| AW0962 | Fluoromount-G(抗荧光淬灭剂) | SouthernBiotech |
| AN0898 | 75%乙醇清洗液 | 利尔康 |
| AW1513 | Molecular BioProducts™ RNase™ AWAY | ThermoFisher |
| AN1497 | 20X TBS缓冲液 | 索莱宝 |
| BW0957 | PAP pen (ab2601)免疫组化疏水笔 | Abcam |
| BW0850 | 1.5ml 离心管 | AXYGEN |
| BW0854 | 50mL离心管 | CORNING |
| BW0842 | 10/20ul滤芯吸头 | Rainin |
| BW0843 | 200/250ul滤芯吸头 | Rainin |
| BW0844 | 1000ul滤芯吸头 | Rainin |
| AW0974 | AeraSeal™ film (Permeable membrane (dry-down seal) | SIGMA-ALDRICH |
| BW0958 | 杂交覆盖盖玻片 HybriSlip™ Hybridization Covers | Grace Bio-Labs |
| AW1291 | GeoMx DSP Collection Plate | NanoString |
| AW1557 | GeoMx Immune Activation Status PanelHuman Protein Module for nCounter | NanoString |
| Immune Activation Status Ab Mix_Hs | NanoString | |
| Immune Activation Status Probe R_3_Hs_nC | NanoString | |
| AW1432 | GeoMx IO Drug Target Panel | NanoString |
| AW1433 | GeoMx Immune Cell Typing Panel | NanoString |
| Immune Cell typing Ab Mix_Hs | NanoString | |
| Immune Cell typing Probe R_4_Hs_nC | NanoString | |
| AW1245 | GeoMx Pan-Tumor Panel Human Protein Module for nCounter | NanoString |
| Pan Tumor Ab Mix_Hs | NanoString | |
| Pan Tumor Probe R_5_Hs_nC | NanoString | |
| AW1563 | nCounter PanCancer Pathway Panel | NanoString |
| Cancer Pathway Capture Probeset | NanoString | |
| Cancer Pathway reporter Codeset | NanoString | |
| AW1560 | GeoMx MAPK Signaling Panel Human Protein Module for nCounter 24 Slides | NanoString |
| MAPK signaling Ab Mix_Hs | NanoString | |
| MAPK signaling Probe R_4_Hs_nC | NanoString | |
| AW1561 | Substitute Probe R_5 for GeoMx MAPK Signaling Human Protein Module | NanoString |
| AW1558 | GeoMx Cell Death Panel Human Protein Module for nCounter 12 Slides | NanoString |
| Cell Death Ab Mix_Hs | NanoString | |
| Cell Death Probe R_6_Hs_nC | NanoString | |
| AW1559 | GeoMx PI3K/AKT signaling Panel Human Protein Module for nCounter 24 Slides | NanoString |
| PI3K/AKT signaling Ab Mix_Hs | NanoString | |
| PI3K/AKT signaling Probe R_7_Hs_nC | NanoString | |
| AW1430 | GeoMx Immune Cell Profiling Panel Human Protein Core for nCounter | NanoString |
| Immune cell profiling Ab Mix_Hs | NanoString | |
| Immune cell profiling Probe R_1_Hs_nC | NanoString | |
| AW1562 | nCounter PanCancer Immune Profiling Panel | NanoString |
| Cancer Immune Profiling Capture Probeset | NanoString | |
| Cancer Immune Profiling reporter Codeset | NanoString |
| Channel | Biological.Target | Color |
|---|---|---|
| FITC | DNA (nuclei) | Red |
| Cy3 | PanCK (Tumor) | Green |
| Texas Red | CD45 (immune) | Yellow |
| Cy5 | CD68 (Macrophages) | Blue |
| Immune.Cell.Profiling.Panel.Human.Protein.Core | Immune.Activation.Status.Panel.Human.Protein.Module |
|---|---|
| Beta-2-microglobulin | CD127 |
| CD11c | CD25 |
| CD20 | CD27 |
| CD3 | CD40 |
| CD4 | CD44 |
| CD45 | CD80 |
| CD56 | ICOS |
| CD68 | PD-L2 |
| CD8 | |
| CTLA4 | |
| Pan-cytokeratin | |
| Fibronectin | |
| GZMB | |
| HLA-DR | |
| Ki-67 | |
| PD-1 | |
| PD-L1 | |
| SMA | |
| Ms IgG2a | |
| MS IgG1 | |
| Rb IgG | |
| Histone-H3 | |
| S6 | |
| GAPDH |
| ROI_ID | Segment_tag | LOT_Human_Immune_Cell_Profiling_Protein_Core | LOT_Human_Immune_Cell_Typing_Protein_Module | LOT_Human_Immune_Activation_Status_Protein_Module | LOT_Human_IO_Drug_Target_Protein_Module | LOT_Substitute_R_5_Human_MAPK_Signaling_Protein | Scan_ID | Unique_Sample_ID |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 096 | TM | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_096_TM |
| 095 | Tumor | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_095_Tumor |
| 094 | Tumor | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_094_Tumor |
| 093 | TM | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_093_TM |
| 092 | Tumor | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_092_Tumor |
| 091 | L | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_091_Full ROI |
| 090 | Tumor | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_090_Tumor |
| 089 | Tumor | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_089_Tumor |
| 088 | Tumor | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_088_Tumor |
| 087 | Tumor | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_087_Tumor |
| 086 | Tumor | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_086_Tumor |
| 085 | Tumor | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_085_Tumor |
| 084 | Tumor | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_084_Tumor |
| 083 | Tumor | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_083_Tumor |
| 082 | Tumor | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_082_Tumor |
| 081 | Tumor | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_081_Tumor |
| 080 | L | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_080_Full ROI |
| 079 | Tumor | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_079_Tumor |
| 078 | Tumor | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_078_Tumor |
| 077 | Tumor | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_077_Tumor |
| 076 | L | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_076_Full ROI |
| 075 | TM | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_075_TM |
| 074 | Tumor | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_074_Tumor |
| 073 | L | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_073_Full ROI |
| 072 | TM | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_072_TM |
| 071 | Tumor | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_071_Tumor |
| 070 | L | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_070_Full ROI |
| 069 | TM | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_069_TM |
| 068 | Tumor | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_068_Tumor |
| 067 | L | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_067_Full ROI |
| 066 | L | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_066_Full ROI |
| 065 | TM | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_065_Full ROI |
| 064 | Tumor | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_064_Tumor |
| 063 | L | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_063_Full ROI |
| 062 | TM | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_062_TM |
| 061 | Tumor | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_061_Tumor |
| 060 | TM | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_060_TM |
| 059 | TM | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_059_TM |
| 058 | TM | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_058_TM |
| 057 | Tumor | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_057_Tumor |
| 056 | TM | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_056_TM |
| 055 | Tumor | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_055_Tumor |
| 054 | L | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_054_Full ROI |
| 053 | TM | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_053_Full ROI |
| 052 | L | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_052_Full ROI |
| 051 | Tumor | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_051_Tumor |
| 050 | TM | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_050_TM |
| 049 | Tumor | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_049_Tumor |
| 048 | L | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_048_Full ROI |
| 047 | TM | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_047_TM |
| 046 | Tumor | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_046_Tumor |
| 045 | TM | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_045_TM |
| 044 | Tumor | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_044_Tumor |
| 043 | L | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_043_Full ROI |
| 042 | L | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_042_Full ROI |
| 041 | Tumor | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_041_Tumor |
| 040 | L | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_040_Full ROI |
| 039 | L | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_039_Full ROI |
| 038 | Tumor | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_038_Tumor |
| 037 | L | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_037_Full ROI |
| 036 | Tumor | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_036_Tumor |
| 035 | TM | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_035_TM |
| 034 | Tumor | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_034_Tumor |
| 033 | L | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_033_Full ROI |
| 032 | L | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_032_Full ROI |
| 031 | Tumor | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_031_Tumor |
| 030 | TM | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_030_TM |
| 029 | Tumor | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_029_Tumor |
| 028 | L | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_028_Full ROI |
| 027 | Tumor | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_027_Tumor |
| 026 | TM | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_026_TM |
| 025 | Tumor | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_025_Tumor |
| 024 | TM | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_024_TM |
| 023 | Tumor | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_023_Tumor |
| 022 | L | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_022_Full ROI |
| 021 | L | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_021_Full ROI |
| 020 | TM | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_020_TM |
| 019 | Tumor | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_019_Tumor |
| 018 | TM | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_018_TM |
| 017 | Tumor | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_017_Tumor |
| 016 | L | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_016_Full ROI |
| 015 | L | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_015_Full ROI |
| 014 | L | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_014_Full ROI |
| 013 | Tumor | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_013_Tumor |
| 012 | Tumor | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_012_Tumor |
| 011 | TM | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_011_TM |
| 010 | Tumor | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_010_Tumor |
| 009 | L | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_009_Full ROI |
| 008 | L | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_008_Full ROI |
| 007 | TM | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_007_TM |
| 006 | Tumor | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_006_Tumor |
| 005 | L | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_005_Full ROI |
| 004 | TM | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_004_TM |
| 003 | Tumor | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_003_Tumor |
| 002 | TM | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_002_Full ROI |
| 001 | Tumor | ICPH10001 | ICTH10001 | 0474032 | 0474029 | 0474047 | 21R9976SLZA | 21R9976SLZA_001_Tumor |
为了确保每个AOI中数据的质量,所有原始数据集都需要通过建议的质量控制(QC)指标进行处理。 数据质控的指标其中包括:
(1) 视场(FOV)记录和结合密度QC参数监视nCounter运行的质量。
(2) 标准化阳性对照QC设置阳性ERCC标准化因子的可接受范围。
(3) 最小细胞核数量和表面积参数,标记低于建议的细胞核数量或表面积的AOI。
QC相关的数据图表将被保存至 ./results/1.Quality_Control/。
因为管家基因的表达高度稳定,其密度分布被认为接近随机的正态分布。此密度图的分布可用来判断是否出现离群不合格的AOI,如有与分布偏差较大的极端异常值会被作为参考在后续分析中剔除。下图为绘制的本项目所有AOIs含有的管家基因(S6, Histone H3, GAPDH)表达的几何平均数的密度图。此图中横坐标为各AOI管家基因几何平均数的对数值,纵坐标为横坐标该数值出现的频率。
因为管家基因的表达高度稳定,其在样本间的分布同样可以用来判断数据中是否存在分组间的偏见。若AOIs的管家基因对于某个组别或分类条件没有明显的偏向性则通过此质控步骤。下图绘制了AOIs管家基因的几何平均数分布图。根据与项目中实验设计方案有关的AOIs分组信息(Segment_tag),下方按标签页呈现了不同着色方式的管家基因分布。
靶标质控(Probe QC)是对于所有靶标质量管理的控制步骤。IgG基因的表达信号可以作为背景信号或阴性对照信号。通过比较所有靶标与IgG阴性对照的表达情况,可以识别潜在性能不佳的靶标。本实验使用如下IgG基因: Ms IgG1, Ms IgG2a, Rb IgG作为阴性对照。下图所示的箱线图展现的是各AOI中各靶标的计数值与IgG阴性对照计数值的比值,并取其比值的对数值(log2)。此纵坐标的数值呈现的是每个靶标与阴性对照计数值的差异关系。此数值越高,则意味着该靶标信号相较于IgG越高。此数值显著偏低的靶标意味着其表达显著低于阴性对照,需要谨慎使用并进一步研究解释其计数值低于背景值的原因。需要注意的是,因为靶标的信号值和许多因素有关,包括AOI的种类,组织的类型和样本/AOI所具有的生物学意义,因此靶标的信号值偏低并不绝对意味着靶标质量偏低。
数据归一化包括基于IgG的背景矫正,基于管家基因的背景矫正等方式。北京矫正的原理是:如果绝大多数探针功能正常,即能准确反应出信号强度时,其检测信号应高度相关。下图为对校正因子IgG基因进行的相关性质控。根据与项目中实验设计方案有关的AOIs分组信息(Segment_tag),下方按标签页呈现了IgG基因两两之间的相关性及各自在各个AOI的count值。本项目中使用基于IgG基因表达水平的背景校正方式。
| Scan.name | ROI.name | Segment.name | QC.status | ROI.X.Coordinate | ROI.Y.Coordinate | Tags | Binding.Density | FoV.registration.QC | Positive.norm.factor | Surface.area | Nuclei.count | QC.flags |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21R6616SLZA | 1 | Tumor | PASSED | 5624.000 | 44348.00 | Tumor | 0.45 | 1.0000000 | 1.0799290 | 27942.275 | 87 | |
| 21R6616SLZA | 1 | M | PASSED | 5624.000 | 44348.00 | M | 0.39 | 0.9964286 | 1.2195079 | 10935.689 | 94 | |
| 21R6616SLZA | 2 | M | PASSED | 6048.000 | 35496.00 | M | 0.32 | 0.9928571 | 1.0146891 | 16425.473 | 211 | |
| 21R6616SLZA | 3 | NOA | PASSED | 5268.000 | 42958.00 | NOA | 0.32 | 1.0000000 | 1.8706828 | 27290.637 | 428 | |
| 21R6616SLZA | 4 | L | PASSED | 6214.000 | 45114.00 | L | 0.31 | 1.0000000 | 0.5446836 | 10452.385 | 214 | |
| 21R6616SLZA | 5 | Tumor | PASSED | 14725.323 | 43457.78 | Tumor | 0.24 | 0.9857143 | 1.3223252 | 43657.711 | 485 | |
| 21R6616SLZA | 6 | M | PASSED | 15611.000 | 43315.00 | M | 0.29 | 1.0000000 | 1.1402428 | 10356.809 | 150 | |
| 21R6616SLZA | 7 | NOA | PASSED | 14252.000 | 42296.00 | NOA | 0.22 | 1.0000000 | 1.0969358 | 8481.194 | 144 | |
| 21R6616SLZA | 8 | L | PASSED | 13363.000 | 41676.00 | L | 0.31 | 1.0000000 | 1.0414619 | 9164.426 | 202 | |
| 21R6616SLZA | 9 | Tumor | PASSED | 23599.555 | 41904.29 | Tumor | 0.35 | 1.0000000 | 1.0013887 | 44441.305 | 498 | |
| 21R6616SLZA | 10 | M | PASSED | 22200.506 | 43879.55 | M | 0.42 | 0.9964286 | 1.1961032 | 17812.359 | 375 | |
| 21R6616SLZA | 11 | NOA | PASSED | 23195.000 | 44069.00 | NOA | 0.46 | 0.9928571 | 1.2431939 | 19021.815 | 286 | |
| 21R6616SLZA | 12 | L | PASSED | 20760.000 | 41844.00 | L | 0.45 | 1.0000000 | 0.9900776 | 15699.799 | 426 | |
| 21R6616SLZA | 13 | Tumor | PASSED | 4871.542 | 28965.83 | Tumor | 0.39 | 0.9964286 | 1.1664477 | 45647.411 | 253 | |
| 21R6616SLZA | 14 | M | PASSED | 5380.000 | 31177.00 | M | 0.32 | 0.9928571 | 0.9788649 | 9842.551 | 293 | |
| 21R6616SLZA | 15 | L | PASSED | 3671.000 | 31111.00 | L | 0.32 | 1.0000000 | 1.6750731 | 10327.131 | 223 | |
| 21R6616SLZA | 16 | NOA | PASSED | 6506.000 | 29082.00 | NOA | 0.31 | 1.0000000 | 0.5468761 | 21415.199 | 460 | |
| 21R6616SLZA | 17 | Tumor | PASSED | 12306.000 | 27774.00 | Tumor | 0.24 | 0.9857143 | 1.2268811 | 30657.649 | 653 | |
| 21R6616SLZA | 18 | M | PASSED | 11822.000 | 29421.00 | M | 0.29 | 1.0000000 | 1.0521457 | 32212.870 | 356 | |
| 21R6616SLZA | 19 | NOA | PASSED | 11854.000 | 31334.00 | NOA | 0.22 | 1.0000000 | 0.9946349 | 46672.736 | 1303 | |
| 21R6616SLZA | 20 | Tumor | PASSED | 28724.256 | 42632.21 | Tumor | 0.31 | 1.0000000 | 0.9571846 | 44539.912 | 458 | |
| 21R6616SLZA | 21 | M | PASSED | 31429.000 | 41357.00 | M | 0.35 | 1.0000000 | 0.9364439 | 4246.501 | 48 | |
| 21R6616SLZA | 22 | L | PASSED | 31679.000 | 41939.00 | L | 0.42 | 0.9964286 | 1.1320730 | 15776.547 | 99 | |
| 21R6616SLZA | 23 | NOA | PASSED | 30314.000 | 43124.00 | NOA | 0.46 | 0.9928571 | 1.1815963 | 16410.155 | 183 | |
| 21R6616SLZA | 24 | Tumor | PASSED | 4057.082 | 15300.77 | Tumor | 0.45 | 1.0000000 | 0.9603880 | 39981.793 | 174 | |
| 21R6616SLZA | 25 | L | PASSED | 5245.000 | 17218.00 | L | 0.39 | 0.9964286 | 1.0194205 | 7479.962 | 63 | |
| 21R6616SLZA | 26 | NOA | PASSED | 5462.000 | 17777.00 | NOA | 0.32 | 0.9928571 | 0.8483956 | 21335.260 | 64 | |
| 21R6616SLZA | 27 | M | PASSED | 4554.000 | 15718.00 | M | 0.32 | 1.0000000 | 1.5454741 | 5503.346 | 59 | |
| 21R6616SLZA | 28 | Tumor | PASSED | 13156.091 | 16138.80 | Tumor | 0.31 | 1.0000000 | 0.4620681 | 30896.668 | 584 | |
| 21R6616SLZA | 29 | M | PASSED | 12890.207 | 17503.40 | M | 0.24 | 0.9857143 | 1.0892537 | 25705.738 | 317 | |
| 21R6616SLZA | 30 | L | PASSED | 12123.000 | 16516.00 | L | 0.29 | 1.0000000 | 0.9887072 | 18275.399 | 243 | |
| 21R6616SLZA | 31 | NOA | PASSED | 11493.000 | 15006.00 | NOA | 0.22 | 1.0000000 | 1.0330765 | 24578.933 | 381 | |
| 21R6616SLZA | 32 | Tumor | PASSED | 20667.795 | 14433.51 | Tumor | 0.31 | 1.0000000 | 0.9387603 | 48053.718 | 314 | |
| 21R6616SLZA | 33 | M | PASSED | 18919.000 | 15159.00 | M | 0.35 | 1.0000000 | 0.9450877 | 16854.208 | 366 | |
| 21R6616SLZA | 34 | NOA | PASSED | 21327.000 | 14973.00 | NOA | 0.42 | 0.9964286 | 1.0214458 | 31839.502 | 569 | |
| 21R6616SLZA | 35 | M | PASSED | 21440.000 | 21144.00 | M | 0.46 | 0.9928571 | 1.2280121 | 30922.995 | 277 |
QC汇总信息的表格同时将被保存至 ./results/1.Quality_Control/ 以供筛选查看。
针对经过数据质控之后合格的数据,开展了如下的数据分析研究,其基本流程如下图所示:
本部分针对用户所选的panel进行了蛋白表达谱的分析,用热图展示。热图分析使用了无监督的层次聚类来分析每个AOI的蛋白表达量之间的相关性。每一列代表一个AOI,每一行是一个蛋白。对每个蛋白表达值分别进行了归一化处理,让均值为0和标准差为1。将归一化的值在平均值±2倍标准偏差处进行截尾处理,以确保最大比例的数据的颜色分布正常(99% 的数据在平均值的 ± 2 标准偏差内)。其位于同一簇同一分支的AOIs在某种程度上是相似的,不同分支的AOIs则不太相似。
蛋白表达谱总览的分析相关的数据图表将被保存至 ./results/2.Overall_Analysis/。
下图根据用户给出的分组信息,对所有分组进行聚类热图(Gu, Eils, and Schlesner 2016)的展示,可对AOIs之间表达的相似程度进行推断。其中数据均进行了归一化处理,让均值为0和标准差为1。将归一化的值在平均值±2倍标准偏差处进行截尾处理,以确保最大比例的数据的颜色分布正常(99% 的数据在平均值的 ± 2 标准偏差内)。默认使用最小方差法ward.D2聚类方法构建距离矩阵,距离值越小则AOIs之间的相似度越大。其分析结果如下图所示,横轴代表每个AOI,纵轴代表用户所选panel中的每个蛋白,示例注释列在热图的顶部,图例显示了AOIs分组信息,其蛋白表达值用渐变颜色表示。
降维(Dimensional Reduction technique)是一种统计学/机器学习方法,其目的为从一个大体量(高维度)的数据中,筛除冗余或无关变量并从原有变量中找出主要变量。特征选择 (feature selection) 和特征提取 (Feature projection / Feature extraction) ,就是对高维度数据结构处理的典型方法。
·特征选择,提取数据子集,简化数据模型,去掉冗余和无关数据。
冗余数据:数据可以展现整体数据的特征,拥有生物学意义,但是与其他特征强相关
无关数据: 低质量数据,基本无法体现特征
特征选择应用场景: 机器学习,数据挖掘,多类型的高维生信数据,比如DNA微阵列, 表达谱,单细胞, SNPs 等
·特征提取或者被口语化称为狭义的降维。和特征选择相似,从高维度数据 (多个特征向量空间)中简化数据模型,去掉冗余和无关信息,提升计算处理效率。其理论支撑是认为数据都是有结构的,在低维度的数据结构中精炼提取数据结构的核心信号。降维处理后可产生低维度可视化图像,服务于研究中的分析理解。
为了探究各AOIs之间关系,使用主成分分析(PCA)分析AOIs差异的主要特征。在如下的二维图像中,x轴横轴代表的是第一主成分,y轴纵轴是第二主成分,均显示此主成分可以解释的数据间差异所占总数据差异的百分比。根据与项目中实验设计方案有关的AOIs分组信息(Segment_tag),下方按标签页呈现了不同着色方式的PCA图像,图例均为AOIs分组的着色信息。
为了探究各AOIs之间关系,使用tSNE降维分析AOIs差异的主要特征。在如下的二维图像中,x轴和y轴代表的是经tSNE降维处理后二维坐标轴,每一个点对应一个AOI。根据与项目中实验设计方案有关的AOIs分组信息(Segment_tag),下方按标签页呈现了不同着色方式的tSNE二维化图像,图例均为AOIs分组的着色信息。
为了探究各AOIs之间关系,使用UMAP降维分析AOIs差异的主要特征。在如下的二维图像中,x轴和y轴代表的是经UMAP降维处理后二维坐标轴,每一个点对应一个AOI。根据与项目中实验设计方案有关的AOIs分组信息(Segment_tag),下方按标签页呈现了不同着色方式的UMAP二维化图像,图例均为AOIs分组的着色信息。
进一步分析各AOIs之间的相关性,对用户选取的AOI/ROI总体表达进行相关性分析(Wei and Simko 2021)。AOIs之间的两两相关性以pearson系数的方式被计算,数值分布在[-1,1]。Pearson数值为0时代表两AOI之间无线性关系。数值的绝对值越高,AOI之间的相关性也越高。正值代表AOI之间呈正相关关系,负值代表AOI之间呈现负相关关系。 下图呈现的是所有AOIs间的相关性,横纵轴均代表每个ROI/AOI,名称显示在顶部和左侧,渐变颜色显示AOIs间pearson相关系数值,从[-1,1]以从蓝至红显示。
下图呈现的是所有蛋白间的相关性,横纵轴均代表每个蛋白,名称显示在顶部和左侧,渐变颜色显示AOIs间pearson相关系数值,从[-1,1]以从蓝至红显示。